Το Τμήμα έχει συνεργασία με τον Δήμο Νεστορίου στο πλαίσιο διασυνοριακού προγράμματος.

Επίσης, έχει υπογραφεί μνημόνιο συνεργασίας μεταξύ του Εργαστηρίου Εφαρμοσμένων Οικονομικών και του Ερευνητικού Ινστιτούτου Οικονομικής Ανάλυσης και Επιχειρηματικότητας που εδρεύει στην Καστοριά.

Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών έχει επίσης συνάψει συνεργασία με το Οικονομικό Επιμελητήριο Καστοριάς για την διεξαγωγή εκπαιδευτικού προγράμματος το οποίο απευθύνεται σε νέους αλλά και υφιστάμενους Καστοριανούς επιχειρηματίες οι οποίοι θέλουν να εμπλουτίσουν τις γνώσεις του σε θέματα επιχειρηματικού σχεδιασμού, καινοτομίας και επιχειρηματικότητας, μαρκετιγκ και διαφήμισης.